Пергамон входит в состав большого комплекса Музейного острова, расположенного на реке Шпрее в центральной части Берлина. Своим названием музей обязан уникальной археологической находке. Во второй половине XIX века один из приглашенных немецких специалистов, инженер Карл Хуман, работал в Турции на строительстве дорог. Работы сопровождались раскопками, во время которых молодой ученый-энтузиаст обнаружил следы массивного древнего алтаря. Предположив, что мраморные барельефы могут иметь отношение к воспетому античными авторами алтарю Зевса из древнего города Пергам, Хуман запросил поддержку Берлина. После долгих переговоров с турецкой стороной было получено официальное разрешение сначала на раскопки, а затем и на транспортировку обнаруженных древностей в столицу Германии.
Найденные Хуманом плиты действительно оказались частями знаменитого алтаря, который царь Аттал посвятил Зевсу в честь победы, одержанной Пергамом над галатами. Алтарь, украшенный рельефными изображениями сцен гигантомахии, считался одним из архитектурных чудес своего времени. Он предназначался для религиозных церемоний под открытым небом и представлял собой сложный ансамбль, над восстановлением которого немецкие ученые трудились не один год. Для демонстрации алтаря широкой публике и был построен Пергамский музей в Берлине, распахнувший свои двери в 1901 году.
Позднее здание музея не единожды расширялось и перестраивалось. Новые находки - сине-золотые Врата Иштар, привезенные из Вавилона, орнаментальный Мшаттский фриз и многое другое - требовали более просторных площадей. К 1930 году завершилось строительство помещений нового Пергамона, которые вместили не только прежние памятники, но и ценнейшее собрание Музея исламского искусства.
В годы Второй мировой войны музей Пергамон пострадал от бомбардировок. Большую часть его сокровищ удалось вывезти в безопасные места, другая часть попала сначала в Восточный Берлин, а потом и в СССР. Некоторые ценные экспонаты осели в запасниках Эрмитажа и Пушкинского музея, так и не вернувшись в Берлин.
Обновленное здание Пергамского музея содержит три основных экспозиции: Античное собрание, Музей исламского искусства и Переднеазиатский музей. В 2009 году открылась античная Сокровищница монетного искусства. Помимо крупных архитектурных реконструкций, посетители могут ознакомиться с образцами античной мозаики, позднехеттской скульптуры, мавританской резьбы по дереву, миниатюрной индийской живописи, восточных ковров и другими шедеврами древнего искусства.
В музее Пергамон также есть сувенирные лавки и кафе.
До музея Пергамон можно доехать на метро (станции Friedrichstrasse, Hackescher Markt), автобусами №№TXL, 100, 200, 147, а также трамваями №№M1,12, M4, M5, M6. Музей работает с 10.00 до 18.00, по четвергам до 20.00. Входной билет обойдется в 12 евро.